在《无限边界:超级机器人大战OG传说超过》的世界里,由日本和风式世界、剑与魔法的幻想世界、及非常新技术开发的科幻世界等诸多世界观所组成的“无限边界”变成了作战舞台。在前作《机战OG传说》里,主角哈根击败了“瓦鲁夏因”,最后导致全部世界的结合而构成了“新无限边界”。但在这次《机战OG传说超过》作品里,新的“无限边界”将成为此次故事的新舞台。
这次游戏中,在全新的人物主角角色“阿雷迪·那亚修”、“涅朱·哈增”等前提下,前代里的哈根和楠舞神夜等人也会登场,此外,在《机战OG》中登场的艾克塞尔和阿露菲米两平均也会登场。